中心实行主任负责制，全面负责实验教学中心的工作。中心人员实行公开招聘、竞争上岗、定期考核的管理机制。中心副主任协助主任负责中心具体事务。中心组织实施日常教学管理，完成教学任务，组织教学改革。中心统一安排实验教学和规划、实验教学改革、统一调配人员，统一采购和调配仪器设备，资源共享。

中心建立了一系列规章制度与管理办法，主要有：实验中心管理制度、管理人员工作守则、学生实验手则、消防安全制度、安全保卫制度、实验室开放管理办法、大型设备和精密仪器开放使用管理办法、毕业设计阶段实验室管理办法、仪器设备赔偿制度规定，基本管理制度均已上墙。

通过建立并不断完善实验室的管理办法与一系列规章制度，使实验室管理逐渐制度化、规范化，明确了实验室管理教师的岗位分工职责；通过建立设备账、物、卡档案，实现了仪器设备的网络化管理，以便于实现实验教学资源共享；通过建立设备使用、维修、保养体系，并落实实验室安全、卫生措施，保证了实验实践教学、科研工作的顺利进行。鼓励管理教师参加相关的进修与培训，以提高业务水平。